Εδώ και 16 χρόνια, το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης διεξάγει την παλαιοντολογική ανασκαφή υπο την καθοδήγηση της παλαιοντολόγου, επίκουρης καθηγήτριας, Ευαγγελίας Τσουκαλά. Ευρήματα και απολιθώματα 15.000 τον αριθμό, έχουν ανακαλυφθεί μετά απο επιστημονικές έρευνες σε έξι απο τις 20 σπηλιές, που προς το παρόν έχουν εξερευνηθεί, σε διάφορα βάθη, μέσα στη σπηλιά. Η πλειοψηφία αυτών προέρχεται από τις καφέ αρκούδες των σπηλαίων που εύρισκαν ιδανικό περιβάλλον για την διαβίωσή και την αναπαραγωγή τους.

Δόντια και οστά στην πλειοψηφία τους είναι τα δείγματα την ύπαρξης της URSUS CT. ARCTOS. Επίσης βρέθηκαν οστό από λεοπάρδαλη, ύαινα και αλεπού. Πολλά απο τα σπήλαια, δεν έχουν ακόμα εξερευνηθεί. Τα ευρήματα επιβεβαιώνουν την ύπαρξη άγριας ζωής, αλλά και χλωρίδας με ίχνη από σπόρους. Από τα σπήλαια των Λουτρών φυλάσσονται στο Παλαιοντολογικό – Φυσιογραφικό Λαογραφικό Μουσείο Αλμωπίας.